Još uvijek nisu pronađeni pisani materijali koji bi otkrili kada i tko je osnovao ovo naselje. Iz turske popisne bilježnice iz 1519. godine saznajemo da je na rijeci Bregalnici, u blizini Novog Sela, postojao most, koji je, zajedno s naseljem, bio vakuf sultana Bajazita kana (1389. – 1402.). U to vrijeme u naselju je živjelo 21 kršćansko kućanstvo.
Za vrijeme vladavine sultana Murata II. (1421. – 1451.), zbog strateški važnog položaja Novog Sela, donesen je dekret kojim se ono proglašava vojnim i stražarskim naseljem te mu se dodjeljuju posebna prava i povlastice: da se brine, kao stražari, o cesti i mostovima.
Kao rezultat takve privilegije stanovnika, Novo Selo je već početkom 18. stoljeća bilo značajno naselje, u kojem je živio i štipski mitropolit Kir Efrem. Takav status stanovnika Novog Sela, koji su svi bili Makedonci, imao je vrlo pozitivan utjecaj na njihov gospodarski, kulturni i politički život, a vrhunac je dosegao u 20. stoljeću, kada je u njemu živio veliki broj bogatijih i poznatih starih obitelji koje su se bavile obrtom i trgovinom.
Topografski položaj diktirao je da se u Novom Selu razviju tri građevinske skupine objekata, raspoređene duž obronaka Isara, Kumlaka i Merite. Ove skupine su komunikacijski povezane dvama mostovima preko dviju rijeka u jednu nedjeljivu cjelinu. Od prve polovice 20. stoljeća Novim Selom smatraju se samo dvije građevinske skupine objekata amfiteatralno raspoređene uz rijeke Kumlak i Merite.
Novo Selo je kraj turske vlasti (1912.) dočekalo s oko 700 kuća. Od tada se njihov broj znatno smanjio, a stanje većine preostalih kuća je prilično loše.
U arhitektonskoj cjelini ističu se dva prostora koja su imala ulogu društvenih centara. Jedan je uz crkvu “Sv. Bogorodice”, a drugi je lokalitet “Javor”, koji gleda na rijeku Bregalnicu.
