Још увек нису пронађени писани материјали који би открили када и ко је основао ово насеље. Из турског пописног тефтера из 1519. године сазнајемо да је на реци Брегалници, код Новог Села, постојао мост, који је, заједно са насељем, био вакф султана Бајазита кана (1389–1402). У то време у насељу је живело 21 хришћанско домаћинство.
За време владавине султана Мурата II (1421–1451), због стратешки важног положаја Новог Села, донет је декрет којим је проглашено војним и стражарским насељем и додељена му посебна права и привилегије: да се брине, као стражар, о путу и мостовима.
Као резултат таквих привилегија становника, већ почетком 18. века Ново Село је било значајно насеље, у коме је живео и штипски митрополит Кир Јефрем. Такав статус становника Новог Села, који су сви били Македонци, имао је веома позитиван утицај на њихов економски, културни и политички живот, достижући врхунац у 20. веку, када је у њему живео велики број богатијих и познатијих старинских породица које су се бавиле занатима и трговином.
Топографски положај је диктирао да се у Новом Селу развију три грађевинске групе објеката, распоређене дуж падина Исара, Кумлака и Мерите. Ове групе су комуникативно повезане два моста преко две реке у једну недељиву целину. Од прве половине 20. века, Новим Селом се сматрају само две грађевинске групе објеката амфитеатрално распоређене дуж река Кумлак и Мерите.
Ново Село је дочекало крај турске владавине (1912) са око 700 кућа. Од тада се њихов број значајно смањио, а стање већине преосталих кућа је прилично лоше.
У архитектонској целини издвајају се два простора која су имала улогу друштвених центара. Један је поред цркве „Свете Богородице“, а други је локалитет „Јавор“, који гледа на реку Брегалницу.
