Все още не са открити писмени материали, които биха разкрили кога и от кого е основано това селище. От турския преброителен тефтер от 1519 г. научаваме, че е имало мост на река Брегалница, близо до Ново село, който заедно със селището е бил вакъф на султан Баязид хан (1389–1402). По това време в селището са живели 21 християнски домакинства.
По време на управлението на султан Мурат II (1421–1451), поради стратегически важното положение на Ново село, е издаден указ, с който то е обявено за военно и стражево селище и му са предоставени специални права и привилегии: да се грижи, като стражар, за пътя и мостовете.
В резултат на подобна привилегия на жителите, още в началото на 18 век Ново село е било значимо селище, където е живял и Щипският митрополит Кир Ефрем. Такъв статут на жителите на Ново село, които са били всички македонци, е оказал много положително влияние върху техния икономически, културен и политически живот, достигайки своя връх през 20 век, когато там са живели голям брой от по-богатите и известни стари семейства, занимаващи се със занаяти и търговия.
Топографското положение е продиктувало в Ново село да се развият три строителни групи обекти, разположени по склоновете на реките Изар, Кумлак и Мерите. Тези групи са комуникативно свързани чрез два моста над двете реки в едно неделимо цяло. От първата половина на 20-ти век за Ново село се считат само двете строителни групи обекти, разположени амфитеатрално по поречието на реките Кумлак и Мерите.
Ново село посреща края на турското владичество (1912 г.) с около 700 къщи. Оттогава броят им е намалял значително, а състоянието на повечето от останалите къщи е доста лошо.
В архитектурния ансамбъл се открояват две пространства, които са играли ролята на социални центрове. Едното е до църквата „Света Богородица“, а другото е местността „Явор“, която гледа към река Брегалница.
