Δεν έχουν βρεθεί ακόμη γραπτά στοιχεία που να αποκαλύπτουν πότε και από ποιον ιδρύθηκε αυτός ο οικισμός. Από το τουρκικό τετράδιο απογραφής του 1519 μαθαίνουμε ότι υπήρχε μια γέφυρα στον ποταμό Μπρεγκάλνιτσα, κοντά στο Νόβο Σέλο, η οποία, μαζί με τον οικισμό, ήταν βακούφι του Σουλτάνου Βαγιαζίτ Χαν (1389–1402). Εκείνη την εποχή, 21 χριστιανικά νοικοκυριά ζούσαν στον οικισμό.
Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Σουλτάνου Μουράτ Β’ (1421–1451), λόγω της στρατηγικής σημασίας θέσης του Νόβο Σέλο, εκδόθηκε διάταγμα που τον ανακήρυξε στρατιωτικό και φρουριακό οικισμό και του παρείχε ειδικά δικαιώματα και προνόμια: να φροντίζει, ως φύλακες, τον δρόμο και τις γέφυρες.
Ως αποτέλεσμα αυτού του προνομίου των κατοίκων, ήδη από τις αρχές του 18ου αιώνα το Νόβο Σέλο ήταν ένας σημαντικός οικισμός, όπου ζούσε και ο Μητροπολίτης Στίπ, Κυρ Εφραίμ. Αυτή η θέση των κατοίκων του Νόβο Σέλο, οι οποίοι ήταν όλοι Μακεδόνες, είχε πολύ θετικό αντίκτυπο στην οικονομική, πολιτιστική και πολιτική τους ζωή, φτάνοντας στο αποκορύφωμά της τον 20ό αιώνα, όταν ζούσε εκεί ένας μεγάλος αριθμός από τις πλουσιότερες και πιο διάσημες παλιές οικογένειες που ασχολούνταν με τη χειροτεχνία και το εμπόριο.
Η τοπογραφική θέση υπαγόρευσε την ανάπτυξη τριών οικοδομικών ομάδων αντικειμένων στο Νόβο Σέλο, απλωμένων κατά μήκος των πλαγιών των ποταμών Ισάρ, Κούμλακ και Μεριτέ. Αυτές οι ομάδες συνδέονται επικοινωνιακά με δύο γέφυρες πάνω από τα δύο ποτάμια σε ένα αδιαίρετο σύνολο. Από το πρώτο μισό του 20ού αιώνα, μόνο οι δύο οικοδομικές ομάδες αντικειμένων που απλώνονται αμφιθεατρικά κατά μήκος των ποταμών Κούμλακ και Μεριτέ θεωρούνται Νόβο Σέλο.
Το Νόβο Σέλο υποδέχτηκε το τέλος της τουρκικής κυριαρχίας (1912) με περίπου 700 σπίτια. Έκτοτε, ο αριθμός τους έχει μειωθεί σημαντικά και η κατάσταση των περισσότερων από τα υπόλοιπα σπίτια είναι αρκετά κακή.
Στο αρχιτεκτονικό σύνολο ξεχωρίζουν δύο χώροι που έπαιζαν τον ρόλο κοινωνικών κέντρων. Ο ένας βρίσκεται δίπλα στην εκκλησία «Αγία Μπογκορόντιτσα» και ο άλλος είναι η τοποθεσία «Γιάβορ», η οποία έχει θέα στον ποταμό Μπρεγκάλνιτσα.
